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白赖仁（李子雄 饰）野心勃勃，一心想控制人类，差仁者领袖虎大介杀死了菊池博士，抢走了万能的“赤盒”，伹他却打不开。得知音乐家高比（黄子华 饰）能打开盒子，他遂派人将其生擒。与此同时，菊池的学生女忍者香也在追杀高比，而令一面，芭蕉先生派爱徒小灵（黄圣依 饰）则暗中保护高比。三路人马狭路相逢，展开龙争虎斗，最终小灵杀出重围。芭蕉夜入白府盗赤盒不成，反被虎大介取走性命，并连累村民惨遭屠杀，于心不忍的高比以自刎相威胁，总算中止了白赖仁的屠夫行径。高比以乐曲为钥匙打开了赤盒，白赖仁惊喜万分，以为掌握了控制人类的秘笈。但小灵、女忍者香能就此罢手吗......

劳拉在他父亲二十年前挖掘古墓带回来的箱子里，找到一具神秘的时钟。多年前，她父亲曾跟她提到一个叫作光明会的神秘组织，这个组织一直在寻找一具古钟，他们相信这具古钟是打开时间和空间的钥匙，这把钥匙是一块结晶的陨石金属所铸成的三角形神秘体，这块三角形被分成两半，只要把这两半结合为一，光明会的始组将获得重生，人类的未来也将永远改变。四十八小时后，当行星完全排成一列，天空将出现日全蚀现象，而这时后三角的力量达到巅峰，如果错过这个时辰，就必须再等待另一个五千年。劳拉必须在两天之内找到神秘的三角形，并且及时拯救宇宙。

继第一部电影的事件之后，萨扬来到了阿塔卡马沙漠，追寻着一个与她的任务有关的线索。她的任务是对抗Actaeon，这个跨国组织不仅使她的家庭悲惨凄凉，还破坏了智利各地的生态系统。

Having taken control of a maximum security prison, a criminal mastermind faces off against a retired Black Ops agent who had been visiting his incarcerated son.

两名训练有素的特工被派往神秘峡谷的对立两侧执行保护任务，并因此变得亲密。当邪恶势力出现时，他们必须携手合作，以求在峡谷中的未知险境中生存下来。