一名年轻男子被指控强奸一名年轻女子。 这个年轻人是谁，这个年轻女人又是谁？ 他是有罪的还是无辜的？ 正如被告所说，她是受害者还是只是为了报复。 只有一个真理吗？ 人类事物质疑当代世界，摧毁了司法机器的无情机制，让我们面对自己的恐惧。
《南京的那个夏天》从老百姓的视角讲述了南京人民对美好生活的执着与热爱。有着十五年安全驾驶记录的普通大巴司机贺南京，因与妻子卫莉婚后长期不孕，面临来自各方面的压力，两人的感情和婚姻遭遇危机。在卫莉离开贺南京的那段日子里，贺南京偶然邂逅单亲男孩童童。在照顾童童并与他一起生活的日子里，贺南京、卫莉相继重新领悟并找回了爱情与生活的真谛。
为了能在摄影比赛中拿出与众不同的作品，女大学生应佳说服同是摄影爱好者的弟弟小山和同学刘林来到准葛尔盆地徒步旅游，伺机拍摄理想的作品。出乎应佳三人意料的是，拍摄过程中竟无意间拍下盗猎团伙围杀马鹿的场面，并因此而遭到盗猎份子的追杀。摆脱盗猎者时，应佳三人分头逃跑，约定晚上在营地汇合。结果，小山和刘林落入盗猎分子之手，应佳滚下悬崖时被树枝挂住，幸免一死。 准葛尔盆地自然保护区反盗猎大队刘队长，和青年志愿者马强在巡山过程中发现精神恍惚的应佳后，将其救回保护站。刘队长安排马强照看应佳，自己和小李一起去寻找小山和刘林。受到惊吓的应佳不愿意相信任何人，乘马强睡着的机会偷偷离开保护站，去营地寻找弟弟和刘林，却被半路追上的马强强行拉回。应佳向马强叙述了自己的遭遇。在应佳的哀求下，马强决定陪同应佳一同外出寻找。 刘队长和小李在荒漠中遭遇盗猎者，并与之发生火拼。因寡不敌众，刘队长从火拼中撤回保护站，请求支援。马强在应佳的坚持下，顺着盗猎者留下的痕迹一路追踪，在盗猎份子的窝点却遭到暗算，汽车被炸毁，应佳被前来收货的老梁子抓获。老梁子与盗猎者交易时，应佳差一点被扔进矿井。千钧一发之际，马强赶到，救出应佳，并告诉应佳小山和刘林的下落。无意间，马强发现盗猎团伙内部矛盾重重，乘机偷出盗猎者的 羚羊绒，在应佳的帮助下，救出小山和腿部受伤的刘林。
明朝某皇帝得知潘太师父子罪恶极大，便赴江南私访，恰好书生朱子谦途经杭州目睹潘太师之子抢劫民女沈美娘并杀死其母，愤而来到杭州府击鼓告状。知府刘迁己知皇帝赴江南私访，见朱出言犀利，误其为皇帝。朱借机下旨将潘子处死，惩治了贪官污吏，后来在百姓的掩护下，朱子谦和沈美娘一同远走他乡。
森（任达华 饰）和May（邵美琪 饰）各自带领的机动小组成员间争强好胜，May的小组得到何长官赏识，娇纵傲慢，森一队心有不服，却无可奈何。 机动小组即将解散，但在执勤的最后一天发生一起抢劫案，劫匪逃入荒山。两支小组并为一队上山展开地毯式搜查。期间各种离奇状况不断，加上彼此矛盾重重，致使森和May分头行动，却遭遇诸多险阻。另一方面，为队员送饭的肥棠（林雪 饰）汽车抛锚，结果遭遇劫匪。官兵与强盗在山中展开了一场怪异惊险的捉迷藏游戏，而PTU同事间的友情也受到了考验……
