影片主要讲述了明成祖朱棣时期，设立秘密军情组织——九门，监察百官，掌控京城人心动向。时至明中期，兵部尚书私藏军饷意图谋反，作为京城最强的秘密刺客组织，九门再次受命调查案件。然而，此次案件盘根错节，事情远远超出众人的想象，就连九门内部的势力也深陷其中......
帮派老大倪森为太太Ade举办生日会，前辈九叔也到场祝贺，倪森送给Ade一辆车，车的司机叫做立信。Ade对立信产生好感，与立信做了对不起大哥倪森的事。倪森为了抢生意，杀死了九叔，立信目睹了一切，并藏起了...
正邪魁首龙门、异门决战昆仑之巅，异门被灭，龙门首领朗炎建龙都城，特设可保一方太平的龙雀卫组织。转眼十二年后，龙门遭遇蜘蛛袭击，朗炎中毒，全城陷入危难。龙雀卫首领方圆、圣女姬心夜前往妖市寻找神医章连华，三人经历重重磨难，成功破解异门后人企图破坏城都安宁的阴谋，与噬魂蛛展开最后的决战…
在第一部《边境杀手》电影事件发生三年后，这部续集在德克萨斯州的美墨边境附近开幕。随着一名恐怖分子试图通过卡特尔贩毒集团从墨西哥偷渡到美国失败后自爆和之后在堪萨斯城发生的自杀式炸弹袭击，美墨边境的毒品战争升级，联邦特工马特·格拉弗（乔什·布洛林饰）与善变的亚历杭德罗（本尼西奥·德尔·托罗饰 ）重新开始了合作。
