故事发生在乡村小镇的水果店，主人翁虽是个身患重症的小男孩，但并没有磨灭他要成为大英雄的志气与理想，对生活仍然是充满活力与热情。果宝特攻的橙留香偶然地闯入小男 孩家里经营的水果超市，誓要带领水果村民逃离老鼠军团的控制，回到故乡天堂果园……
1910年，法国巴黎。电影院放映员埃米尔（Sébastien Desjours 配音）和他的朋友罗尔（Gad Elmaleh 配音）来到某科学家的实验室送货，科学家恰好不在，两个人胡乱动实验室的药品，...
一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
