明朝嘉靖四十年，即1561年，倭寇在浙江沿海的千洞岛一带闹得凶狠，千洞岛地处出海要塞，是商船必经之地，从这里经过的商船经常被倭寇阻截，他们上船掠夺，遇到反抗格杀勿论。这个岛屿四面环海，易守难攻，明朝军队几次攻打未果，倭寇却更加猖獗……三石村清水观的明一道长带着他的弟子配合戚继光积极抗倭，制订了歼击千洞岛倭寇的歼岛计划。不料事情败露，猖狂的倭寇便血洗了千洞岛附近的村落，明一道长和岛民无一幸免。吴樾扮演的明一道长的俗家弟子陈金满为给亲人和岛民报仇，决定继续完成明一道长的计划。他决定带领几个弟兄用炸药炸毁千洞岛和所有的倭寇。经过殊死搏斗，陈金满和几个弟兄成功引爆千洞岛。
四大家族之一的金虎堡堡主在一次押镖途中，被四名蒙面和尚劫杀。叶青花被怀疑与此案有关，游侠雷迅助友洗脱嫌疑，竟卷入奇案，三闯少林找出四名和尚，当众伏法，以为真相大白；岂料，四名和尚又到处杀人，雷迅才知道被人利用，引发连场打斗。
帮派老大倪森为太太Ade举办生日会，前辈九叔也到场祝贺，倪森送给Ade一辆车，车的司机叫做立信。Ade对立信产生好感，与立信做了对不起大哥倪森的事。倪森为了抢生意，杀死了九叔，立信目睹了一切，并藏起了...
现行法律体制下，犯罪分子们用各种方式逃脱法律制裁，人民对此无可奈何，然而一个神秘蒙面人“夜叉”突然出现，对那些逃脱惩罚的人渣施以鞭笞的私刑，润年企业主席也难逃夜叉制裁。从美国回港的警官华启伦（陈小春 饰）奉命抓捕夜叉，华选择即将退休的警察介哥（柯受良 饰）作为搭档。原来介哥当年与两名义子阿泰（古天乐 饰）、子年合称“旺角三鹰”，阿泰性格刚硬，嫉恶如仇，然而却在一次追索毒贩的任务中枪杀嫌疑人，导致失去公职。华启伦视阿泰为夜叉的真身，于是借介哥试图揭开事情真相。然而，华启伦和夜叉的对决，这才仅仅是开始……
东东（梅艳芳 饰）与心靖（杨紫琼 饰）年幼时得到武林高手的收养，传授她们武功望她们能长大后行侠仗义。同是孤儿的两人情同姐妹。不料心靖在12岁时被抓走，从此失去音信。东东长大后下嫁了警官刘启文（刘松仁 饰），生下女儿后当上了贤妻良母。多年来她一直向家人隐瞒自己的身份，但 夫妻俩之间却因为这样变得疏远。 当年心靖被清朝宦官陈公公抓走，用毒液洗去了她记忆后利用她的好身手干着坏事。陈七（张曼玉 饰）也是公公的手下，生性不羁，她中毒并不深，记忆不久便恢复了。她跟东东一般富有正义感但视钱如命。三人在一次偷取婴儿的争斗中相遇了，但心中的正义感令她们本来对立的角色演变成一直的方向，对付危害大众生命的女勇士。
