亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。
在两个孩子误打误撞进入制毒窝点被绑架后，特警老兵“枪手”(Gunner)需要深入毒枭帮派内部，在与犯罪分子和当地警方周旋下救下他的海紫。
1936年，小偷包来顺在罗家湾19号偷了一颗价值不菲的祖母绿，因行踪被发现来不及带走，藏在书房壁炉后一个隐秘角落。包来顺随即被抓坐了三年牢房。1939年，包来顺出狱，正准备伺机去把宝石取出来，发现重庆已经变成陪都，罗家湾19号已经成了插翅难进的军统本部。 不甘心的包来顺无奈报名参加了军统培训班，偷鸡摸狗的专长使得他在培训班中如鱼得水，六个月后，以出色的表现被戴笠钦点进了军统本部。本来想拿到祖母绿立刻闪人的包来顺，由于在参加军统的刺杀任务时表现出色，被安排到军统本部，当他进入本部时沮丧地发现当年藏东西的房间已经变成了戴笠的办公室，他又进不去。他只好滞留下来等待机会，由此卷入军统、日本人、共产党、中统各方人物的纠葛之中，并对女共产党员宋小慈产生了微妙的情愫，最后为救宋小慈付出了生命。
