讲述史蒂文以为他保护地球的日子结束了，但新的反派来到沙滩市，史蒂文平静美丽的日子也完了，他遇到了人生中最大的挑战。
随着城市发展，麦兜住的旧区大脚咀也卷入了拆迁漩涡。不过无忧无虑的麦兜从来不会去考虑拆迁对他意味着什么，春田花花幼稚园又开学了。为了适应激烈的社会竞争，春天花花幼稚园也加入很多令人捧腹的新课程：耍赖、诈死等等。麦太在樟木头买了块墓地，为了日后能有个安身之所。时光飞逝，一切又回到了从前，回到了麦兜的父亲菠萝油王子的时代。王子跟随着师傅出行，不料遇到了一连串怪事，王子不再是王子，有人变成了他的样子回去当了王子。浑浑噩噩的菠萝油认识了阿莲——以后的麦太，过着平平凡凡、庸庸碌碌的生活，只是在夜里，菠萝油偶然会想起他的王国、眼里会呛着泪花。阿莲怀孕了，菠萝油重遇了以前送薄饼的龟仔、一起出行的师傅，他们决定回去复国了。于是菠萝油告别了阿莲，告诉他如果明天听不到一个王子复国的新闻，那就永远忘了他…
作恶多端的黑龙被封印在深不可测的天音湖中，每隔五百年便要举行凤凰大典，利用凤凰的叫声加固封印。有一个五百年如期而至，谁知在典礼进行的途中发生了意外，凤凰孵化失败，黑龙挣脱了束缚重返人间，世界陷入了水深火热之中。想要再度封印黑龙，必须前往天音谷寻找七件神器，它们共同吹奏出的乐曲能够催化凤凰蛋。不幸的是，虹猫（谢娜 配音）沉睡在天音湖底，无奈之中，蓝兔（袁慧敏 配音）只得独自和天音大师（张怀武 配音）踏上了寻找神器的旅途。途中，两人遇见了魔术师小狸（谢娜 配音），小狸于无意之中展现出了神奇的能力，成为了行动中不可缺少的重要环节。
早在多年前，有着优良传统的黑猩猩家族就成为人类派往太空执行特殊任务的代表。如今，作为黑猩猩家族的第三代传人，汉姆三世(安迪•萨姆伯格 配音)也顺理成章地被选作为继承家族优良传统的新一代太空飞行员。原因是，美国国家航空航天局NASA的价值59亿元之巨的航天探测器突然消失在浩瀚的银河之中。需要新一批训练有素的太空黑猩猩团队去调查此事。此番太空黑猩猩团队中除了汉姆三世之外，还有胆大心细的母猩猩露娜(切瑞•海恩斯 配音)，以及身体强壮的泰坦 (帕特里克•沃尔波顿 配音)。“三人”小组在NASA进行了一番艰苦且全面的训练之后，终于踏上了远征太空的神秘之旅……
