续集故事继续围绕杰克（汤姆·克鲁斯 饰）展开，他重回弗吉尼亚州的军事基地和苏珊·特纳少校会面，要解决一些个人问题。此时，特纳却意外被捕。杰克同时也陷入谜团，因为他被诬告犯有重罪，而且牵涉到一个自己完全不知道的小孩。这些，杰克都记不起来了。他要克服重重困难，去寻找特纳，最终解决问题。
缩骨谢是警方的线人，给警方提供过不少十分有价值的情报，某日，他在马来西亚离奇死于非命，黄维邦（李子雄 饰）是重案组的警探，以枪法精准著称，却因为患上了手疾而无法胜任工作，准备离职。缩骨谢和黄维邦曾经有过一段往事，前者是后者的救命恩人，缩骨谢死的蹊跷，令黄维邦决心接下此案，调查幕后真相。 联手督查翁振富（卢景华 饰）、警探金沙展（郭追 饰）、师兄伦国强（黄衍蒙 饰），一只精锐的专案小组成立了，众人将调查的重点放在了富商贺加年（翁世杰 饰）的身上，哪知道这只狡猾的老狐狸隐藏颇深，没有留下任何蛛丝马迹。与此同时，黄维邦发现，他们的一举一动都被某位神秘人物尽收眼底。
名不见经传的小刑警孙大圣（王千源 饰）出生入死在追查案件的第一线，在平凡无奇的一天，他突然听说与之有交情的汽车修理工赵勇强跳楼自杀了。赵勇强此前租住一处拆迁房，但拆迁房一夜被人强拆，他和儿子不仅被赶了出来，连预付的租金都打了水漂。在此之后，赵带着儿子找到地产开发商泰华集团总经理赵泰（包贝尔 饰），结果却遭受了殴打和羞辱。在此之后，孙大圣试图调查此事，却遭到泰华集团乃至警方内部的阻挠，而赵泰试图收买他的行为更激怒了耿直倔强的孙大圣。 专横跋扈的赵泰为了摆平这件事，不惜采用各种龌龊肮脏的手段，正邪之战正式拉开帷幕……
