在不遠的將來，百分之98的地球表面都會沒入海裡，一個能統領鯊魚大軍的軍閥，抓走了神秘「鯊魚召喚師」的女兒，而她必須學會掌控與生俱來的超自然能力，從軍閥的暴政統治中解放人民回歸自由……
萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！
该片讲述了5个来自异时空的机器魔偶，为了逃避异世界反对生物科技革命的暗杀魔爪，逃往地球，有了各自的生活，多年后，异世界又派神秘杀手暗杀的故事。而追根溯源，引发异世界生物科技革命的原因是资源濒临枯竭、环境遭到破坏，导致该空间的男子失去了生育能力。这将带给观众对保护环境，以及对人与自然关系的反思，影射了当今社会人类必须减缓对环境的破坏和污染，使其有利于人类社会生存和发展，这既保护了人类自己，同时也是科学发展观核心“以人为本”的侧面体现。整部影片主旨在于对人们保护环境的价值观的重塑，承认自然环境本身的价值，而人类作为自然界中的一份子，总结历史经验，减少自然破坏，从而达到人与自然的和谐统一。
