1990年,一艘巨大的飞船出现在地球上空,人们惶恐不安,却又分外好奇。经过一段时间紧张的等待,外星飞船始终没有动静。人类终于小心翼翼靠近它,强行走进舱内,结果发现了不计其数的外星人。他们形容丑陋,宛如虾子,而且健康状况极差,虚弱无力。原来这是一群来自外星的难民,他们最终被地球人接纳,并隔离在南非约翰内斯堡的一片区域内生活,此地名为“第九区”。经过长达20年的繁衍,外星难民的数量扩张至180万之多,且和周边人类的矛盾冲突不断,越来越多的人类呼吁将“大虾”赶出地球。 MNU(列国同盟组织)经过磋商,决定将外星难民迁移到更为偏远的区域。MNU外星事务部门的特工威库斯(Sharlto Copley 饰)专门负责搬迁工作。威库斯在动员过程中傲慢随意,与当地居民冲突频频。最终,他为自己的行为付出代价,外星人的神秘流体将其感染,威库斯慢慢变成了外星人的模样……
寇克等人作为嘉宾乘新企业号试航,途中收到救援任务……而在另一时空,索伦博士正阴谋毁灭星球,攻击企业号。唯一能够帮助新船长皮卡特来阻止索伦的,只有销声匿迹了78年的寇克船长。
在遥远的未来,一个神秘的男孩成为寻找新希望的核心人物。这孩子是谁?为什么大家都在找他?有时,最好不要知道某些答案。
未来,人们对资源的需求越来越大,可是地球上的资源已经不能再满足人类。于是地球上爆发了资源危机,并险些引发战争。唯一能阻止战争的只有空间站上的粒子加速器,如果实验成功,粒子加速器成功运转,那么它就能让人们用上源源不断的资源。可是在一次粒子加速器意外事件后,地球整个消失了,空间站上的宇航员开始试图弄清楚在他们身上发生了什么。但随着事情的一点点深入,真相慢慢浮现,更奇怪的事情也随之出现。