神遗大陆，百族争锋，武者为王。姜云曾是皇城天一武府武首，不想被夜天邪废掉武脉，天才变废人，不屈命运时，意外觉醒剑魂骨，在剑道之主剑妙禅的帮助下觉醒万古剑脉，成为凡尘域唯一的超凡剑修。原本打算潜心修行以便早日手刃仇人的姜云，被妻子的青梅竹马凌少风盯上，凌少风联合多个势力对付姜云，姜云为护妻子及唐家周全，奋力抵抗，最后不仅全面瓦解凌少风等恶势力，更揭开灵域企图侵占神遗大陆、灭掉人族的阴谋。为了人族的命运，姜云不得不暂时放下仇恨，与伙伴们携手抵抗灵域的攻击，共同拯救神遗大陆与保护人族。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
萧炎（刘三木 配音）曾是家族里公认的斗气天才，年仅11岁便已经抵达了常人穷尽一生都无法修炼到的境界。可12岁那年，一场意外让萧炎的全部努力都化为了乌有，失去一切的他体会到了人情的冷暖和世态的炎凉，之后，萧炎和纳兰嫣然（鬼月 配音）许下了决斗的三年之约，来到魔兽山脉，在身世神秘的药老（黑石稔 配音）手下修炼。 三年间，萧炎的身影穿梭在塔戈尔大沙漠和加玛帝国黑岩城等地，结识了云芝、小医仙（醋醋 配音）等志同道合的好友，并且最终获得了强大的力量。三年一晃眼就过去了，萧炎毫无悬念的战胜了纳兰嫣然，却没想到，他的故事和劫难才刚刚开始。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
元藏是天选伏魔师后人，十余年前魔族势力陆王手下的狐娇率兵前来为夺取大胜将伏魔师灭族，父亲临死前将幼年大胜与金箍棒托付给了自己的儿子元藏。逃走后的元藏继承了父亲遗志在人界降妖伏魔守护一方太平。大胜成年后两兄弟便踏上了为父复仇的道路，而在这过程中兄弟两遇到了仙界使者小八与阿沙，在得知神魔大战的故事和自身的宿命后，两兄弟与众人毅然决然结伴而行，踏上了寻找七十二元神碎片复活斗战胜佛的征程。
