《犯罪現場》以通缉犯徐糠伏尸屋事件开始，负责调查的警官林法栋（张继聪 饰）发现涉及一宗一个月前的劫案，当中同谋包括汪新元（古天乐 饰）、红毛（凌文龙 饰）与欧阳（李灿森 饰），而犯罪现场唯一目击证人是一只鹦鹉，林法栋锁定汪新元为嫌犯。不过案情卻不如想像中直接……
故事发生在旧中国的上海。柴益良（汤镇宗 饰）携新娘杜雯（郑爽 饰）奉家父柴元济（奇梦石 饰）之命，寻找苏州木牍镇的穆彦（汤镇宗 饰），却惨遭他人杀害。穆彦凭自己长相酷似柴益良，与杜雯合谋打入柴家出任常务董事。穆彦追求女秘书李琳（夏菁 饰），却被昔日兄弟蒋三（白永成 饰）认出假冒身份，并借机敲诈，不料死于非命。警方介入后多方搜集证据，以求尽快让穆彦现原形。私家侦探胡波（廉叔良 饰）受穆彦聘用，请他查清近来频频打匿名电话骚扰自己的人。明查暗访后，胡波发现老爷的贴身仆人阿松（郭伟琳 饰）跟一个叫奚美凤（蔡丽君 饰）的女人有神秘接触，而奚又与其他男人来往密切，穆彦与杜雯设计引蛇出洞......
谷平安独自护送人镖小倩去找夫家，却在半途中被以刀疤脸为首的一伙绑匪绑架。王兆兴预感情况不妙，前去营救，竟遇到了曾经在飞鱼营干过的师兄游四。王兆兴向游四打听刀疤脸的消息，不料游四竟向王兆兴隐瞒实情，还指路为马。经过一番调查，以及小师妹保护朝廷刘大人调查官粮囤积案所掌握的信息，众人终于闯入最阔祸首黄布政大人的行宫。在大量证据面前，黄布政和游四的丑恶行径和贪赃枉法不攻自破，刘大人将贪官缉拿归案，游四趁机溜走。王兆兴追出野外，与昔日的师兄展开一番较量，游四终有所顿悟，倔强的他却结束了自己的性命，王兆兴不免感到伤感和惋惜。
