影片主要讲述了明成祖朱棣时期，设立秘密军情组织——九门，监察百官，掌控京城人心动向。时至明中期，兵部尚书私藏军饷意图谋反，作为京城最强的秘密刺客组织，九门再次受命调查案件。然而，此次案件盘根错节，事情远远超出众人的想象，就连九门内部的势力也深陷其中......
在第一部《边境杀手》电影事件发生三年后，这部续集在德克萨斯州的美墨边境附近开幕。随着一名恐怖分子试图通过卡特尔贩毒集团从墨西哥偷渡到美国失败后自爆和之后在堪萨斯城发生的自杀式炸弹袭击，美墨边境的毒品战争升级，联邦特工马特·格拉弗（乔什·布洛林饰）与善变的亚历杭德罗（本尼西奥·德尔·托罗饰 ）重新开始了合作。
泰勒（查理•辛 Charlie Sheen 饰）是越战期间的一名美国大学生，他前往越南前线去服兵役，被分到了一个步兵部队。部队里有两个人一直对他影响颇大——伊莱亚斯（威廉•达福 Willem Dafoe 饰）和巴恩斯（汤姆•贝伦杰 Tom Berenger 饰）。他们两人对战争的看法截然不同，前者不忍残杀无辜，而后者却杀人如麻，泰勒心里非常迷惑，到底谁对战争的看法才是正确。 巴恩斯展开了一场残忍的屠杀，越南整条村落都流血成河。伊莱亚斯力劝好友不要如此残暴，却遭致二人关系的裂缝。巴恩斯更怀疑伊莱亚斯向上司打小报告，友谊变为妒恨。于是，在一次丛林战争中，他背着所有人，向伊莱亚斯扣下了扳机。 泰勒却洞察了这一切，他心里终于有了答案
