故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。
正就读中学的少年迈尔斯（沙梅克·摩尔 Shameik Moore 配音）意外被一只遭受放射性污染的蜘蛛咬伤，随后身体发生奇特的变化。偶然机缘，他目睹了蜘蛛侠（克里斯·派恩 Chris Pine 配音）和犯罪头目金并（列维·施瑞博尔 Liev Schreiber 配音）的战斗。为了阻止金并利用时空对撞机扰乱宇宙，蜘蛛侠最终壮烈牺牲。可未过多久，来自平行宇宙的颓废的彼德·帕克（杰克·约翰逊 Jake M. Johnson 配音）出现在迈尔斯面前。为了阻止金并的阴谋，并帮助这个帕克返回自己的宇宙，他们闯入金并的老巢。在这一过程中，二人遭到章鱼博士和徘徊者的狙击。与此同时，来自其他宇宙的女蜘蛛侠、暗影蜘蛛侠、蜘猪侠、二次元蜘蛛妹相继出现。 他们合力与恶势力展开斗争……
1982年冬天，挪威科考队的一架直升机突然打破了南极大陆的平静，直升机疯狂的追逐一只雪橇犬，最后坠毁在美国科考营地的附近。美国科考队员对挪威考察队近期人员骤减的情况有所耳闻，于是飞行员麦克（Kurt Russell 饰）与众人赶赴挪威营地，结果看到的是一地破败中四处散落着奇怪的尸体，并有证据表明挪威人得到了某种冰封状态中的生物。医生布莱尔（Wilford Brimley 饰）研究了尸体的变异却无法破解成因。当晚，犬笼中的狗遭到袭击并发生了变异，一种不可知的生物正在这孤寂的南极大陆威胁着科考队员们的生命…… 本片翻拍自1951年由霍华德?霍克斯指导的《The Thing From Another World》。
故事设定在“猿流感”病毒蔓延全球的背景下，人类几近毁灭，而进化为高级智慧生物的猿类一跃成为食物链顶端的王者。时移世异，暴虐的猿类首领赛撒（凯文·杜兰 Kevin Durand 饰）在一片废墟中建立起猿族历史上的第一个帝国——“猩球”崛起，这是世界新秩序诞生的黎明时分。神秘的人类女孩诺娃（弗蕾娅·艾伦 Freya Allan 饰）的出现，引起了赛撒的警觉。她似乎掌握着一个巨大的秘密，不仅关乎人类的存亡，甚至可能再度颠覆整个“猩球”。被迫逃亡的诺娃在躲避赛撒军队的过程中，与青年猿类诺亚（欧文·泰格 Owen Teague 饰）的命运交汇，揭开了一段冒险的旅程。
该片以大地震后荒废的首尔为背景，讲述聚集在此地唯一剩下的“皇宫公寓”里的生存者们的故事。
园田真理、菊池启太郎的侄子条太郎、海堂直也与不知何时回来的草加雅人，一同经营着“菊池西洋洗涤铺”，同时也为俄尔以诺提供庇护。 而由政府重组的智脑公司已转变为一家旨在消灭俄尔以诺的公司，由北崎领导。 某天，为拯救被追杀的俄尔以诺，草加与海堂变身为假面骑士凯撒和蛇俄尔以诺，与消灭俄尔以诺小队的队长胡桃玲菜交战。 在那里出现了消失数年、下落不明的乾巧。乾巧变身为全新形态——假面骑士次世代555（暂译），作为智脑公司阵营的头部战力，与真理等人对战。 遭到攻击的真理等人都对此感到不解。乾巧为何会出现在智脑公司？失踪至今都在做些什么…… 这一戏剧性的重逢，拉开了俄尔以诺与人类故事的新篇章……
1999年新年前夕，两个不起眼的高中生决定在新千年之前参加一场盛大的派对，但当时针指向午夜，他们想象不到的疯狂事件发生了。
公元2021年，资料除了透过电脑输送外，还可利用人脑运输。专业运输员尊尼为了运送更多资料，不惜洗去自己的记忆。一次任务中，尊尼被客户输入过量资料，若他不在二十小时内找到输出密码，他便会倒毙。另一方面，日本集团为了夺取他脑内的资料，也对他展开一场大追杀。
