游戏中，全服第一剑士萧无尽和第一女通缉犯桃之夭夭不打不相识。现实中，冬川大学校园男神萧河和大一新生沈心因大学生电竞比赛相遇相知。二人和好友阳曜组成战队，一路过关斩将，力争要夺得比赛的冠军！萧河和沈心相互治愈、相互鼓励，在追求梦想的道路上携手前行，在好友阳曜和向楠的助攻下，二人又会擦出怎样的火花？
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
人妖魔共存的架空世界里，陈长生为了逆天改命，带着一纸婚书来到神都，与一群少年英雄伙伴并肩，与黑暗势力展开了殊死斗争，同时也收获了爱情，在神都开启一个逆天强者的崛起征程。
雪王来到陌生都市，在这里结识了温柔的本地朋友来萌和神秘的“都市侠”冰冰。三人阴差阳错间，共同守护起城市中心的一处小摊。奇怪的是，每个路过的人似乎都带着亟待解决的烦恼，于是这支“临时小队”展开了边看摊、边替人排忧解难的日常——虽然方法天马行空，结局也时常跑偏，但总有欢笑与温情相伴而来。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
