《穿书自救指南》改编自晋江文学城作家墨香铜臭小说《人渣反派自救系统》，亲爱的玩家，欢迎来到《人渣反派自救系统》.......普通青年沈垣原为修真小说《狂傲仙魔途》的读者，因看完书后骂出激活码而触发了神秘系统，因此穿入《狂傲仙魔途》书中世界的人渣反派沈清秋躯壳中。为了改变人渣反派沈清秋最后被徒弟洛冰河揭开真面目落得身败名裂而死的下场，他开始了漫漫洗白之路……
2060年，世界组织为解决各种超自然危机，在全球范围内挑选精英特工组建了危情局。危情局又挑选精英中的精英，组成一个王牌小队，取名为魅影。三年前，在一次接收宝物的任务中，由于队长昊远的轻信，导致了魅影小队被戴瑞克小队偷袭，几乎全员阵亡。昊远自己也被戴瑞克栽赃并落入悬崖。然而，目标宝物-永生石意外进入昊远体内，使他死而复生，还获得了操控时间的异能，拥有了时间静止、时间倒流等超能力。我们的主人公从此开始过上了逃犯的生涯。昊远不愿面对过去，选择隐姓埋名，过着平淡的生活，一心守护着战友的妹妹-顾小溪。可天意弄人，Y城出现了一种蓝色病毒，感染者皮肤出现蓝色纹理，然后一点点遍布全身，最终死亡。而顾小溪，也被感染了。为了破获蓝色病毒事件，拯救顾小溪，昊远回归危情局。与性感干练的特工御姐——夏柔、古灵精怪的天才萝莉——童晓晓、混迹江湖的中二大佬——展鹏等怪咖临时凑在一...
神王之子秦书身为神子，却天生凡体凡命，受尽天道界众人部夷厌弃甚至要被夺去神子身份，贬入凡间。直到他与主角相遇融为一体，开启万界签到系统，于混沌天绝云峰开启永动丹田。随后从神道界最底层走起，与修罗战、与鬼神斗、与武帝争，靠一己之力，斩尽神佛，独闯九九八十一重天顶，满天诸神都不能挡其路，以一介凡体走上神道之巅。最后从众多神子的生死决斗之中脱颖而出，独战九大帝子，破混元天尊夺取神道界的惊天密谋，成就新一代大帝。
为寻玉剑的下落，引发仙魔龙族三方大战。秦羽在澜叔的帮助下，拥有第八把玉剑，成为海底第四大势力的领袖。秦羽决心面对新的挑战——集齐玉剑，开启仙府。最终仙府缓缓打开，踏入这宝地之时，真正的生死考验才刚刚开始。
