在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。在妖馆中，每一个返祖妖怪都会配有一位被称为SS的护卫，白鬼院凛凛蝶（日高里菜 配音）和御狐神双炽（中村悠一 配音）的故事就由此开始。 在妖馆中，还居住着另一些有趣的住客。性格优哉游哉但其实有着意外细腻内心的反之冢连胜（细谷佳正 配音）和他的护卫雪小路野蔷薇（日笠阳子 配音）；不良正太渡狸卍里（江口拓也 配音）和他的护卫夏目残夏（宫野真守 配音）；狂放不羁甚至有些变态的青鬼院蜻蛉（杉田智和 配音）和他倒霉的护卫髅髅宫歌留多（花泽香菜 配音）。在和这些同类相处的过程中，凛凛蝶找回了久违的快乐，同时，返祖妖怪们丢失的记忆也逐渐的浮出了水面。
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
