本作以星际旅行的科幻背景，讲述能够使用「以太齿轮」操纵重力的少年「四季」、没什么人气的实况主「蕾贝卡」，以及机械蓝猫「哈比」。他们将乘坐战列舰「EDNES ZERO」四处冒险，寻找能够实现一切愿望的神秘生命体「MOTHER」。
小宫千寻（藤原夏海 配音）从小和母亲过着相依为命的生活，母亲不擅家事，家中的洒扫洗涮便都由千寻来承担，日子虽然过得拮据艰辛，但却十分的幸福快乐。然而，不幸忽然降临，母亲过世，千寻失去了最后的依靠。 鹰取圆（岛崎信长 配音）是千寻的舅舅，他收留了无处可去的千寻，让他免费住在自己的家中。可是，这一举动却激怒了千寻，因为他深信工作是人生的唯一信条，只有靠工作换来的成果才能够心安理得的享用。鹰取圆是一位小有名气的服装设计师，然而生活中，却是个什么都不懂邋里邋遢的懒鬼。对于眼前的脏乱差实在看不下去的千寻开始着手收拾屋子，于是鹰取圆决定任命千寻为家中的“女仆”，用劳动换取学费和生活费。
主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。 拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。
