1943年10月，美国海军在费城进行了一次人工强磁场的机密试验，即着名的“费城实验（The Philadelphia Experiment）”，实验成功地将一艘驱逐舰及全体船员投入另一空间。在实验过程中，实验人员啟动脉衝和非脉衝器，使船只周围形成了一个巨大的磁场。随后整条船被一团绿光笼罩着，船只和船员也开始从人们的视线中消失。实验终止时，舰船已被移送到了479公里以外的诺福克（Norfolk）...其孙女试图重振世界战争II“费城实验”.........
太平洋某座生物研究所内，最新研究的鱼类加速繁殖计划得到了突破，并在繁殖力极低的鲨鱼身上试验成功。实验室的科学家们大喜过望，称这项研究将彻底解决全球食物问题。只有总负责人博士袁聪认为此举会破坏现有的生态环境，力排众议下令销毁实验鲨鱼。然而实验组的副手莫雷将这些鲨鱼看成毕生心血，偷走几条幼鲨准备转移，谁知在路上被咬伤出了事故，幼鲨逃进下水道进入了大海。没过多久，若干处海边出现鲨鱼群体袭击事件，原来这些鲨鱼的背后有一只超级巨大的母鲨......
一艘宇宙飞船前往火星，起飞不久后机组成员却发现了一个偷渡者。由于这艘飞船的装备只能支持三名乘客，而且它的生命支持系统也受到了一些无法弥补的损害，机组成员们面临着一个不可能解决的问题。
正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的THE ONE重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被THE ONE取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与THE ONE的决战之火开始燃烧了！
