曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。 被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？
从小就在父亲身上学习到了很多生存技能的鬼岛誉（市道真央 配音）、同时参加了田径部和篮球部的超级运动系少女铃森明日香（河野日和 配音）、拥有高超的智商和好学生的外表，实际上却是一个超级腐女的天谷睦（安野希世乃 配音）、个性傲娇而又毒舌，但实际上非常想要得到大家的认可和喜欢的千金大小姐九条紫音（和气杏未 配音），一场空难中，这四名女子高中生成为了幸存者，并且漂流到了无人岛上。 从来都是坐在课堂里学习书本知识的高中生们，该如何应对岛上极为恶劣和极端的情况呢？很快她们便会知道，想要在自然法则里生存下去，就要放弃很多东西。
