影片讲述了主人公陆浩因欠下巨额赌债被抓进了一个神秘别墅中，在逃离别墅的过程中，偶然发现了一个与自己长相一模一样人陪在自己的女友身边，两人一同被追债人误抓进别墅。在躲避追债人的途中，陆浩被迫寻求外界的援助，却在这期间与克隆人产生了记忆关联。为了解救女友找出真相，陆浩携众人发起反击，然而事件真相却远比他们想象中的还要复杂，一个更大的阴谋正在悄悄浮出水面……
五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步…… 本片为同名美剧的第一部剧场版。
威廉丧妻后，从AI公司得到一位与亡妻样貌相同的仿生人，在人工智能开发的斗争中，一个神秘组织试图通过破坏仿生人的程序来让仿生人获得自由...
