舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。
以军事大国埃雷波尼亚帝国作为舞台，4部系列作以托尔兹军官学院特科班「VII班」的黎恩·舒华泽等人为主角，描述他们在动荡的帝国中努力开拓属于自己崭新道路的物语。而本次动画化也将以原作为基础，描绘在塞姆利亚大陆西部的故事。
故事发生在遥远的未来世界之中，地球上存在一种身体由宝石形成的宝石人形生命体，这种生命体自打一出现以来就经历着遭人掠夺的悲惨命运，如今，全世界仅剩下28人。来历不明的神秘种族“月人”出现开始掠夺宝石人，将他们残忍的制作成装饰品，不仅如此，甚至将他们加工成为武器。 十分易碎又没有韧性的磷叶石（黑泽朋世 配音）、能够释放出银色毒液的辰砂（小松未可子 配音）、向往浪漫爱情故事的钻石（茅野爱衣 配音）、潜心于战斗的圆粒金刚石（佐仓绫音 配音）、个性活泼开朗的摩根石（田村睦心 配音），为了抵抗月人的入侵，世界上仅存的宝石人们决定联手。
