2031年,由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故,世界剧变。突然从地下蔓延的闪光,吞噬都市楼群、覆盖大地,最终,超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。 7年后,翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化,并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。 被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是,赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。 契约之时,希望被托付给了他们——
一代阴阳师玖峨晴嘉被人陷害,在临死前领悟到了自己所欠缺的东西并发动秘术转生的诅咒。他转生到了以四属性魔法为独立魔法体系的异世界,而这次的他绝不会重蹈覆辙。
高校生の四加一樹は、周りには見えないロボットの幻影が見えるようになり変人扱いされていた。それを知った科学者の真田博士は、四加を研究室に連れてくるように娘の三月に頼む。博士はパラレルワールドを証明しようとしており、怪しげな装置に四加を座らせるが、手違いにより別世界へと転送してしまう。 平行世界に飛ばされた四加は、特定の人間しか操縦できないコアロボット1号機”ハルツィーネン”を巧みに操縦して敵を撃破する。これを知ったこの世界の真田司令長官は四加を呼び出す。四加は元の世界に返して欲しいと頼むが、侵略者との戦争が原因で理論は完成していなかった。 戦争を終わらせて早く帰るため、一緒に平行世界に飛ばされた三月と真田家に居候しつつ、ハルツィーネンを操縦して侵略者と戦うことになるのだが、それはそれとしてドタバタな日常生活が始まる。