小镇上的商店街开了一家女仆咖啡厅“SEASIDE”，但跟时下流行的女仆咖啡厅不同的是，这家咖啡厅的店长是个对女仆文化一窍不通的老太婆，她仅仅是抱着“听说女仆咖啡厅很赚钱”的想法，让员工换上女仆装，将原本普通的咖啡厅改造成女仆咖啡厅。 在尾谷高中上学的岚山步鸟（小见川千明 配音），是SEASIDE的女仆一号。她的同班同学辰野俊子（悠木碧 配音）因为对常来店里的真田广章怀有好感，于是也成为咖啡厅的女仆二号。因为学校规定学生不能私自打工，她们的班主任森秋夏彦，来到店里阻止她们打工，最后却不了了之，反而成为咖啡厅常客之一。之后的某一天，步鸟在街上偶遇了学姐绀双叶，二人成为朋友。《女仆咖啡厅》就是以步鸟所在的小镇为背景，围绕着她和她身边的朋友而展开，在这家看起来有点寒酸的女仆咖啡厅里，发生了很多轻松搞笑的小故事……
故事以位于关东的某所小学为舞台，主要描写以该学校的6年2班中的CP——绫濑花日和高尾优斗、苍井结衣和桧山一翔的学校生活为中心展开的只属于12岁的淡淡的恋情与友情。
