故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。 平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。
这是，人类与超越人智的存在之间的诀别与共存的故事。社会上的大部分都交由名为hIE的人型机器人管理的世界。17岁的少年·远藤新人，某天与一台人型机器人·蕾西亚相遇，并与之缔结了主从契约。外表与人类一模一样的“那个物体”，是具备震惊世界性能的超高性能AI所诞生出来的，超越人智的五台人型机器人“人类未到产物”之一——。 五台机体各自拥有自身的意义，为了得到对方的性能而开战。 仅仅只能旁观这场战斗的大人们，与接近这一存在、试图建立新的关系的少年们。他们寻求着通向未来的选择，以及人类与物体之间关系的答案——。 过度进化的机械，与人类世界的联系是什么？ 在过于便利的这个时代，什么是重要的，什么是必要的，新人通过与远优于人类的人型机器人·蕾西亚的相遇，寻求着通向未来的选择，以及人类与物体之间关系的答案——。
