神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
一连串人类恶鬼化案件的现场，都拍到了与男主长得一模一样的凶手。女主收到地府方面的通缉令，将男主逮捕归案等待黑白无常审判。为洗脱罪名，男主逼不得已用计胁迫女主一起查明真相。随着案件逐渐清晰，两人揭开了一连串人类恶鬼化案件的阴谋以及凶手和男主的关联，原来一切都在幕后黑手的掌握中。
