拥有健全感性的善良人市川京太郎，对位于食物链顶点的美少女山田杏奈在意得不得了。通过观察发现山田意外的一面…!? 虽然完全不知道在想什么不过非常贪吃，不如说除了吃根本什么都没在想，简直是个脑袋空空的人型母猪。理应不会缩短的两人间的距离，奇迹会发生吗!? 就这样京太郎的青春，正非常安静地发生变化……
“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。 我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可是不安于现状的凉宫同学却勇敢的建立起SOS团，用强烈的意志去试图改造这个了无新意的世界。她的忧郁，究竟从何而来，又将从何而去。
当一场神秘的瘟疫导致男性人口迅速下降时，该国的女性被迫承担起江户社会的核心权力角色。德川幕府的第八任幕府将军吉宗很好奇为什么女性在继承家族血脉时要用男性的名字，她查阅了一份名为“末日编年史”的大奥档案，该档案可以追溯到德川第三任幕府将军家光时代。在通读这本书时，吉宗开始揭开内室的历史。
