神赐之门“Divine Gate”打开后，常界、天界和魔界3个世界出现交集，带来了交织着欲望和战争的混沌时代。为了令世界恢复和平，一个名为“世界评议会”的组织结成了。而当世界恢复和平后，这个组织就变成了一个都市传说，直到名为“适合者”的少年少女们再次集结，开始探索神赐之门……
東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
