故事设定在前作时代的300年后,讲述一个代号为幽灵的邪恶女巫,因为祖先被47浪人所杀,决心复仇的她妄图毁灭所有武士,47浪人的后裔会让她如愿以偿吗?
特警组干探阿杰是罪恶克星,但他妹妹却死于软性毒品,阿杰伤心之余,决心转移到环头警署,全力打击毒贩,将毒祸清除,期间与毒枭阿龙结下不解的仇怨。但阿杰在某次执行任务时,无意中救了龙的妹妹阿敏,敏是软性毒品受害者,杰帮助敏脱离罪恶行列,重新做人,而敏对杰留下好感,便听从杰的劝告去改过,二人朝夕相处,情愫渐生。龙因此大动肝火,想拆散二人,但失败再加上杰创龙的生意,龙在末跆,竟然以敏的生命来陷害杰,但毕竟邪不能胜正,杰凭他在特警中的干练身手将龙正法及将敏救回再续前缘。
道貌岸然的水源警局警官高建洙(李善均 饰)正处在人生的危急关头,他的母亲不久前刚刚去世,警局方面因为和同事涉嫌受贿而被检察官调查,回家奔丧的路上速度过快又不慎撞死了人。高左右奔突,疲于奔命,最后以瞒天过海的方式逃过一劫。好不容易渡过危机的高和同事受命追查一个通缉犯,结果却发现对方正是自己撞到的人。雪上加霜的是,偏偏有人目击了车祸过程,并且匿名举报。之后不久,神秘之人(赵镇雄 饰)打来电话,直接道出高建洙撞到通缉犯的隐情。 对方拥有和高警官同样体面的身份,而他反复纠缠这个惊弓之鸟背后又有怎样不可告人的目的?
香港国际警察杨丽清(杨丽清 饰)前往美国与当地的缉毒组组长东尼(甄子丹 饰)一起调查西雅图的一起贩毒案,当他们追查到当地的一名华人嫌疑人六仔(袁日初 饰),早已收到消息六仔潜回了香港,于是,杨丽清和东尼一起回到了香港。在追捕过程中,他们发现六仔不断受到追击,几次险些丧命。东尼开始觉得六仔绝对不仅仅是牵涉到这起贩毒案这么简单。当东尼和杨丽清一直追查下去时,发现整件事竟然关系到美国中央情报六局,而东尼的同僚另一组的组长迈克尔(王敏德 饰)竟然也牵涉在内。事件的真相真正一层层剥开。