在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
小卒萧陌为爱和军功奋斗三年，却被恋人柳莺儿与将军之子赵昊联手背叛，残忍杀害后抛尸乱葬岗。濒死之际，他唤醒了上古魔刀“幽冥”，获得驱使阴兵之力，化身“活阎罗”归来复仇。他利用附身控魂之能在军营制造恐慌，随后奇袭马匪山寨，建立起自己的第一块根据地——黑石堡，并收服墨家传人墨璇，打造机关。萧陌的势力迅速壮大，引得朝廷大将赵天雄（赵昊之父）率军围剿。萧陌凭借幽冥军与墨璇的机关术大败官军，并在战斗中发现自己竟是前朝大胤皇室遗脉。他以“前朝正统”之名，联合天下义军，与朝廷分庭抗礼。与此同时，他的行为也引起了正道仙门“青云宗”的注意，长老前来讨伐，反被萧陌揭露其门派藏污纳垢，最终败退。然而，这一切都落入了国师的圈套。萧陌击败皇帝，吞噬龙气后，竟无意中撕裂了上古邪神“黑厄”的降临通道。国师亮明真身，欲献祭京城百万百姓迎接邪神。为拯救苍生，萧陌放弃唾手可得的天下，在同伴的协助下，孤身持刀冲入裂隙，与邪神本源展开决战。
少年棋手江流儿在动荡的架空大明王朝中，为了国家的稳定、为了百姓免受战争的蹂躏，以围棋棋手的身份参与到大明皇帝和幽王争夺天下的殊死决战之中。整部动画以明朝棋坛和武林为大背景，用夸张的动画元素展现大明棋手和武者们在围棋场上、武林场上坚韧不拔的拼搏精神。
该季讲述了，拥有“武神躯”的少年镇魂将一一曹焱兵为寻父母下落，与少女夏铃、北落师门等队友，闯入灵域禁地芦花古楼，并与守卫者“风花雪月”四王展开激烈交锋的冒险故事。
