结月（钉宫理惠 配音）是一个平凡的女子高中生，一天，在机缘巧合之下，她被手机传送到了一个名为“神牙”的世界之中。在那里，狼人和吸血鬼们同人类生活在一起，拥有着特殊血脉的姬神子维持着这个世界里的和平与平衡，但是有一天，姬神子莫名其妙的失踪了，天平开始倾斜，与此同时，名为厄魔的魔物接二连三的出现，整个世界处于崩塌的边缘。 在这里，结月遇见了名为丰臣秀吉（花江夏树 配音）的武将，被其所救，很快，丰臣秀吉就发现，在结月的血中，存在着能使月牙族觉醒的神秘力量，之后，武田军、上杉军、真田君等各派人马都知道了结月的秘密，结月成为了他们争夺的对象。
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
