天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。 但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技“军团战”之中。她化名“玛秋”参赛，驾驶着GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。 同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘MS“高达”及其驾驶员──少年修司，出现在她们面前。 接着，世界迎向了新时代。
“实力不足的白魔导师不需要。” 白魔导师罗伊德有一天被勇者队伍逐出。失去了工作后，罗伊德偶然跟随 S 级队伍执行任务。那时，没有人知道勇者队伍会崩溃，而罗伊德将会获得名声。这是一个自认为普通的、拥有超乎寻常支援魔法的使用者成为冒险者，并在无意识中横扫一切的故事。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
