未来巴黎，阶层鸿沟割裂都市。超脑Alma执掌秩序，其创造者暴毙后，警探萨利亚联手泽姆揭开颠覆割裂世界的惊天谜团。
继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。
未来，人们对资源的需求越来越大，可是地球上的资源已经不能再满足人类。于是地球上爆发了资源危机，并险些引发战争。唯一能阻止战争的只有空间站上的粒子加速器，如果实验成功，粒子加速器成功运转，那么它就能让人们用上源源不断的资源。可是在一次粒子加速器意外事件后，地球整个消失了，空间站上的宇航员开始试图弄清楚在他们身上发生了什么。但随着事情的一点点深入，真相慢慢浮现，更奇怪的事情也随之出现。
未来科幻世界中，人类栖息地被划分为资源高度垄断的“上城”与环境恶劣的“下城”。下城居民在严苛的规则下，依靠一种名为“粉泉”的营养物质勉强维生。为了拯救身患重度“地下热”的女儿仁美，下城父亲金翰毅然踏上前往上城寻找传说中神奇解药“源泉”的危险旅程。 潜入上城后，金翰震惊地揭开了统治者奥林维持上城虚假繁荣背后的惊天阴谋：权贵们赖以永生的“红泉”，实则是通过残酷剥夺下城人生命力炼制而成。金翰由此得知，作为科学家的父亲金岩当年为了阻止这场人道灾难，早已将能够中和红泉的“终极抗体”隐藏在了金翰的血脉之中。面对关乎整个人类命运的善恶抉择，金翰放弃了独善其身，选择以自我牺牲的代价摧毁了剥削阶级的核心枢纽，粉碎了奥林的阴谋，为下城无数百姓赢得了生存的尊严与文明重生的希望。
大卫（杰克·吉伦哈尔 Jake Gyllenhaal 饰）、米兰达（丽贝卡·弗格森 Rebecca Ferguson 饰）、罗里（瑞安·雷诺兹 Ryan Reynolds 饰）、秀（真田广之 饰）和休（阿利安·巴克瑞 Ariyon Bakare 饰）是在同一艘太空船上工作的宇航员们。一次偶然之中，他们在火星上发现了一个尚未成熟的生命体。休将这个生命体带回了实验室，让大家没有想到的是，这个小小的细胞在外界的刺激之下竟然开始了飞速的成长。 随着生命体的长大，事态的发展开始失去了控制，该生命体展现出了强大的攻击力和高超的智力，先后杀死了数名船员。不仅如此，大卫发现生命体似乎想随着飞船一起降落地球，而一旦它的阴谋得逞，地球上的人类势必将要面临灭顶之灾。
一艘星际飞船意外被困“星门深渊”，15名乘客只有4人能进入冬眠舱，获得活下去的机会。面对宝贵的生存名额，有人放出被禁锢的异星怪兽，企图通过操纵怪兽屠杀他人；也有人拼死抵抗怪兽，不惜牺牲自己性命也要拯救更多人。在这个黑暗深渊中，一场正义的战役正在开启。
