上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
一系列外星球体降落在地球上，轻而易举地摧毁了它们所经过的一切，科学家和美国总统必须找到阻止外星人入侵的方法。
故事讲述地球遭遇毁灭性瘟疫，一艘星际方舟载着人类逃离，却受到了新的威胁攻击——一种变形的外星力量出现要灭绝人类！
该片讲述了母亲瘫痪在床家庭贫困的大学生成明，因一次意外获得了能操作物体的超能力。在与好友澳晖经历多次超能力实验后，成明对于如何使用超能力陷入了迷惘；并在好友的怂恿下利用超能力非法牟利、伤害他人。不加节制的两人越玩越过火，逐渐走向了一条不可挽回的毁灭之路，但随着成明母亲过世与过度使用超能力的副作用双重打击下成明幡然醒悟，终于在女友紫琳的鼓励下重新振作，勇敢面对一切并最终回归爱与希望。
22世纪末，被人类称作“加米拉斯”的不明外星生物盘踞火星，并持续向地球发射带有强烈放射性物质的游星炸弹，致使地球人死伤无数，濒临灭绝，被迫转到地下求生。在这紧要关头，人类组成宇宙舰队远征火星，结果几乎全军覆没，侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时，一个神秘装置穿越万里银河坠落地球，经检测发现该装置竟然能消除放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助，人类决定孤注一掷，派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进（木村拓哉 饰）应召归队，和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击…… 本片根据松本零士的同名原著改编。
