上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
尼爾是個生在單親家庭的高中男孩，對科幻動漫英雄凡格情有獨鍾的他，因生性內向，在班上苦無朋友，也得不到家人認同。直到尼爾遇上臭味相投且性格剛烈的茱莉亞，兩人一拍即合！在茱莉亞鼓勵下，尼爾鼓起勇氣投稿知名網站，立即引起網 站版主丹尼斯的注意??，他的出現，大大拓展尼爾的視野，卻也衝擊了兩位高中生的情誼。導演克萊雷佛以清新明快的筆觸，刻劃師生代溝、青少年的迷惘，乃至對性向的探索。電影裡逼真的動漫場景，與劇情互為表裡，充分展現了克萊雷佛的世界觀。
科学家吉姆深信自己解开了宇宙的奥秘，打造出可以穿越时空的机器，他在一次实验中发现一株疑似来自未来的大理花，并遇见拥有相同花朵的美女艾碧。当他越深入大理花的来历，越发觉迷人的艾碧并不单纯，不仅和觊觎时空机器的大老板关系匪浅，还可能让他的毕生研究岌岌可危。吉姆决定穿越时空去挽救一切，没想到过去的问题还没解决，未来的自己却受到牵连，命在旦夕，能够帮他的只有神秘的艾碧……
影片时间线设定在1979年第一部《异形》与1986年的续集《异形2》之间，围绕一群年轻而勇敢的太空殖民者展开。讲述他们为逃离外星采矿殖民地的沉闷生活，在冒险探索一座废弃的太空站时，意外遭遇了宇宙中最可怕的生命体——异形。狭窄幽暗、危机四伏的空间站中，大逃杀的序幕已经被无情拉开，人类再次成为异形生物捕猎的目标。在无尽的黑暗与死亡威胁的笼罩之下，太空探险队员们能否在每一次心跳的瞬间，察觉到未知生物潜伏的丝丝寒意？在这场你死我活的追逐战中，他们将直面怎样的信任挑战和道德挣扎？当一个又一个同伴被残忍吞噬，求救无门的他们究竟能否在这场太空杀戮中寻得一线生机？
全球突然出现了很多来自宇宙巨大的“入口”，世界一片混乱、陷入危机。这些扭曲现实的入口为何出现，它们的另一端是？
Sarah(凯伦·吉兰 饰)在收到绝症诊断后，决定用克隆技术复制自己，以减轻她的离世对朋友和家人造成的痛苦；可她却奇迹般地康复了。然而，此时她申请销毁自己的克隆复制品的尝试却失败了，法院授权判罚：本体和克隆体必须进行决斗，两人只能活下来一个。
When her parents are murdered, Nneka encounters the Queen of the Coast who offers to help her in revealing the identities of people who killed her parents. This changes the course of her life as she sets out on a mission of revenge.
宇航员萨姆·沃克在完成自己第一次太空任务后重返地球的途中不幸坠入大西洋深海。尽管航天局派出许多救援队进行了长时间的救援后仍未找到萨姆。就在众人准备撤退放弃时，萨姆却奇迹般地出现，幸存了下来。萨姆的这次经历实在让人难以置信。航天局虽然准许她回到家里跟丈夫团聚，但是却受到了NASA的严密监视以及威廉·哈里斯将军的控制，开始在一座戒备森严的屋子里完成康复和医学检测。当周围接二连三发生了令人不安的事件时，她开始怀疑有外星人跟自己回到了地球。而此后她又渐渐地发现自己的身体机能发生了变化。她的反应、肌肉力量都得到了明显的加强。随着哈里斯将军地深入调查，真相付出水面，原来现在的萨姆其实已经是一个外星人了，而真正的她则永远的沉睡在海底。
