一个被放逐的焦虑不安的居家者必须与一个进入她家的外星人战斗。
一艘满载剧毒原料的外籍巨轮被海盗劫持，转眼间船上所有的人全部离奇死亡！只有一只鹦鹉幸存而这艘失去控制的巨轮仍按照自动驾驶程序向港口高速驶来......一场无人知晓的巨大灾难即将降临！生死关头，一个无意中能与动物对话的小女孩从动物那里知了这个可怕的消息，但她把这个消息告诉大人时，没有人相信动物可以与人对话。危机之中，动物们行动起来，与女孩在一起，为拯救海洋，拯救岸上的城市和所有生命，迎着巨轮冲了上去。当女孩和动物们到达巨轮上时，他们却发现又一个更恐怖的惊天危机……
时空劳工局特工（伊桑·霍克 Ethan Hawke 饰）曾经奉命回到20世纪70年代，以阻止当年给城市造成巨大伤害的恐怖分子“闪灭炸弹客”的破坏活动。谁知他的任务失败，在经过漫长的康复后，他再度踏上征程，发誓要将闪灭炸弹客绳之于法。此番他以酒保身份混迹市 井，某天偶然结识了笔名“未婚妈妈”的作家（莎拉·斯努克 Sarah Snook 饰）。作家向他讲述了其匪夷所思的人生。当年作家曾是名叫简的孤儿，性格古怪的她在应聘太空公司失败后，短暂坠入爱河，并生下一名女婴，结果她的人生也发生了翻天覆地的变化。 特工打算带着“未婚妈妈”去杀掉那个负心汉，然而真相却并没有那么简单……
1999年新年前夕，两个不起眼的高中生决定在新千年之前参加一场盛大的派对，但当时针指向午夜，他们想象不到的疯狂事件发生了。
正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的THE ONE重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被THE ONE取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与THE ONE的决战之火开始燃烧了！
美国海军海豹部队在研究中心执行最高机密任务，然而科学家们陆续离奇失踪，还有其他生物伺机而动...
