袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害·落星雨。在这场大灾害之下，世界多数的都市遭到毁灭。但，从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终於诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
故事发生在遥远的未来世界之中，地球上存在一种身体由宝石形成的宝石人形生命体，这种生命体自打一出现以来就经历着遭人掠夺的悲惨命运，如今，全世界仅剩下28人。来历不明的神秘种族“月人”出现开始掠夺宝石人，将他们残忍的制作成装饰品，不仅如此，甚至将他们加工成为武器。 十分易碎又没有韧性的磷叶石（黑泽朋世 配音）、能够释放出银色毒液的辰砂（小松未可子 配音）、向往浪漫爱情故事的钻石（茅野爱衣 配音）、潜心于战斗的圆粒金刚石（佐仓绫音 配音）、个性活泼开朗的摩根石（田村睦心 配音），为了抵抗月人的入侵，世界上仅存的宝石人们决定联手。
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。 在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
