天上掉下美少女的故事已经落伍了，今次是美少女破土而出！ 高中生御厨仁用古树的木材雕刻了精灵像木雕，本打算以此参加地区展览会。不想搬运中，木雕掉在地上，竟然突然变出一位蓝发美少女！ 这是怎么回事？漫画中美少女出现，住进主角家的荒唐剧情难道要发生在仁身上了吗？正当仁因这突如其来的变化而不知所措之际，少女开口说道：“吾乃产土神也。” 这位叫做薙的少女自称是神灵显灵，手拿动画片中的魔法棒去消灭“秽”。但是无论怎么看，薙不过是个爱耍大小姐脾气的可爱女孩。 仁，面对这位破土而出的少女，到底该怎么办？
故事讲述了人们从出生开始，就被付与了一本书。从生到死按照“命运之书”记载的脚本生存下去的宿命。在此之中，持有空白脚本的“空白之书”出生的艾克斯，与同样拥有“空白之书”的同伴们相遇，踏上了寻找自己使命的旅程。这是一部被不断阅读过的童话故事。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
大约 100 年前。为了寻求在母星中枯竭的生命能量”阿比特“的机械生命体从异次元来访。它们为了穿梭次元，将姿态收缩到手臂模样，降落在”阿比特“丰富的地球上，通过寄生在其他生物上而得以在地球上生活，并与一部分人类秘密接触，开始寻找”阿比特“。人们将那个模样的它们称为“机械臂”。 时间来到现代。某个封印着“机械臂”的立方体从大企业“镜集团”的研究设施中遗失了。偶然发现那个的普通中学生·光解开了立方体的封印。从那里出现的是沉眠了 100 年的“机械臂”阿尔玛。阿尔玛想要寄生在光的身上……光和阿尔玛的奇妙共同生活就这样意外开始了。
这个社会是否平等呢。真正的“实力”是什么？ 东京都高度育成高等学校。那是宣扬彻底的实力至上主义，以升学率·就业率100%而引以为豪的升学学校。升入那里，被分配到1年D班的绫小路清隆，却发现学校与实力至上主义的招牌相反，学生每个月会得到相当于10万日元、与现金同等价值的分数，在授课和生活态度方面也贯彻放任主义。在梦幻般的高中生活当中，不断地挥金如土、过着自甘堕落日子的同班同学们。但，不久他就得知了学校系统的真面目，并被打入绝望的深渊……！ 来自吊车尾聚集的D班的少年少女们所发现的，是世界的矛盾，还是正当的实力社会？
某天，女高中生见子突然变得可以看见那些普通人看不见的鬼怪。面对一夜之间改变的日常，她选择“视而不见”，假装看不见那些东西来生活下去。
202X年，名为「兰道夫症候群（ランドルフ症候群）」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆（アサイラム）」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。
