随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
大约 100 年前。为了寻求在母星中枯竭的生命能量”阿比特“的机械生命体从异次元来访。它们为了穿梭次元，将姿态收缩到手臂模样，降落在”阿比特“丰富的地球上，通过寄生在其他生物上而得以在地球上生活，并与一部分人类秘密接触，开始寻找”阿比特“。人们将那个模样的它们称为“机械臂”。 时间来到现代。某个封印着“机械臂”的立方体从大企业“镜集团”的研究设施中遗失了。偶然发现那个的普通中学生·光解开了立方体的封印。从那里出现的是沉眠了 100 年的“机械臂”阿尔玛。阿尔玛想要寄生在光的身上……光和阿尔玛的奇妙共同生活就这样意外开始了。
与父亲生活在森林的少年铁剑，想成为天下第一剑士。在一次偶然中，他被大猩猩追击无意间到达城市，与被“剑”的魔力影响而成为鬼的高中生剑道高手鬼丸猛产生斗争，开启了寻找“剑”的旅途。
特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。
202X年，名为「兰道夫症候群（ランドルフ症候群）」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆（アサイラム）」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。
2117年冬、公安局ビルに一台の暴走車両が突入する事件が発生。その運転手は青森にある潜在犯隔離施設〈サンクチュアリ〉の心理カウンセラー?夜坂泉だった。しかし取調べ直前に夜坂の即時送還が決定する。 監視官の霜月美佳は、執行官?宜野座伸元らとともに夜坂送還のため青森へ向かう。 そこで待っていたのは、〈偽りの楽園〉だった。
