在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
前一世，丹圣秦逸尘虽然拥有着冠绝大陆的丹术，名震天下，但却因为武道造诣平庸，只能眼睁睁的看着仇敌欧阳昊天夺了自己爱人风千雪的武魂，在自己眼前杀了风千雪和他的兄弟澹台朔。 悲痛之下，秦逸尘借助天地灵珠重生，重回少年之时！ 这一世，秦逸尘要夺回一切！ 回到少年之时的玉溪城，秦逸尘借丹道帮助对自己有救命之恩的林傲天一家崛起，并保护他们免于上一世的灭门之灾。而后又前往宣云城，以珍贵的丹方先后结识宣云城三大家族中的李家、叶家。 但三大家族中的林家代家主林傲情却是一个不折不扣的小人，曾经为了争夺家族继承权而栽赃诬陷兄弟林傲天，将他赶出宣云城，并且给养父林华荣下了毒，使他常年卧病在床，自己篡夺了家主之权，意图一统宣云城。 为了给林傲天一家讨回公道，秦逸尘一边与林傲情周旋博弈，一边丹武双修，用丹道修复自己破损的经脉，先后凝聚神珠和本命武珠，觉醒了罕见的龙武魂！龙啸震...
一场全球性地质灾难使得大陆处于割据状态，由不同的武装集团占领。大陆相对繁荣的萨科城被优人军阀攻占，萨科城北部为北域，西部为西庭，还有其周边五大城市原住民联合组织的五城联军，多方各自为政。由贺将带领的东邦小队与优人正面对抗，引起了多地势力的注意。与此同时，各地冲突不断升级，贺将被迫卷入激烈的斗争中。
