在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事发生在历史架空的多元宇宙世界，通过仙道十门之一的羽化门展开。羽化门麾下的大离王朝是一个拥有几十亿人口的人类王朝，每年都会向羽化门进贡宝物和人才，而经过羽化门训教出来的道人以及炼制的法宝，则是玄幻世界的关键所在。
少年陈枫，丹田如铁，无法修炼。唯有恩师不弃，不想师父被强者击杀，自此再也无人庇佑，受尽旁人欺凌。陈枫尽心守墓五年，却发现师父假死，发现师父遗留的至尊龙血，神秘古鼎。陈枫从此逆天崛起，踏上寻找师父，成为强者的道路。
年仅七岁却超速生长的短命神童时江，为恢复正常生活，带着寄宿体内的某位大神仙闯入仙界
江鱼儿带着系统穿越修真世界，本以为可以作威作福，却没想到，想要让这系统升级，他需要不停的挨揍。就在我准备在无数人的毒打中猥琐发育下去的时候，突然有人要收我为徒，庇护我？这怎么行，师傅您歇着，挨打让我来！看我不断升级，一招打爆这修真界！
