在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
202X年，名为「兰道夫症候群（ランドルフ症候群）」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆（アサイラム）」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。
坐在久世政近邻桌的艾莉同学，看政近的目光总是很冷淡。 然而她又时不时地用俄语向他表露心意…… 而这些话语从未被政近错过。 原来，政近其实有着母语级别的俄语听力！！ 艾莉同学对此一无所知，时不时地说着真心话。 政近明明能听懂她的心意，却要装作听不懂。 令人止不住嘴角上扬的恋爱故事究竟会如何发展？！
赤焰锦衣卫秦鹄与其同伴以“天子守社稷，锦衣卫江山，侠骨藏江湖，百死不留名”为信仰，为守护江山社稷勇斗叛乱势力的壮义之举。既有锦衣卫守护江山安宁的责任感，又有江湖儿女的侠义之心。一向顺风顺水放荡不羁的秦鹄，却因调查一庄离奇杀人案件而逐渐卷入一场关乎于天下苍生的惊天大阴谋中，同时也揭开了自己埋藏二十多年的身世之谜。在一次次凶险万分的案件调查中，敌人的威胁、同僚的背叛、伙伴的猜忌都没有湮灭秦鹄的正义之志。最终他的人格魅力感染了伙伴，众人排除万难、不畏强权，只为给逝去的无辜生命讨一个公道、只为还天下一个太平、只为保江山一个永驻、只为对得起赤焰锦衣卫这一个百姓信赖的名号，齐心协力挫败了幕后黑手扰乱天下的阴谋。
