特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。
故事将以赛马娘们与练马师梦寐以求，一生只能挑战一次的经典三冠比赛皋月赏、日本赛马、菊花赏为主题，描述成田路、爱慕织姬、好歌剧等被称作三强的赛马娘，将抱着绝不认输的思绪，朝着顶点进发。
大地翔（福山润 配音）是一位平凡的少年，虽然表面上看起来大大咧咧不拘小节，但实际上心思十分的细腻温柔。某日，大地翔喝了一罐哈密瓜汽水，在准备将空易拉罐丢弃之时，震惊的发现易拉罐竟然化身成为了金发少女哈密瓜（成田纱矢香 配音），就这样，大地翔成为了哈密瓜的主人。 沉默寡言冷静成熟的艾尔（能登麻美子 配音）、身材娇小喜欢撒娇的葡萄子（悠木碧 配音）、身份神秘拥有强大实力的未来（中岛爱 配音），这些个性迥异的空罐少女们接二连三的出现在了大地翔的身边，而大地翔则被卷入了在空罐少女们之间进行的名为“空罐选拔赛”的战斗之中。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
