不同于长剧和一般的短剧，《乘龙怪婿2》每集为一个独立的故事，无论观众从哪集开始看都不会觉得突兀。每集的名字也极为搞笑，如“超级壮男，想壮就壮，壮得漂亮”、“头文字龟”。
聪明美丽的吴依凡（周显欣饰）和活泼可爱的妹妹吴依人（姚笛饰），与知书达理的母亲黄慧英（徐幸饰）相依为命，过着清贫舒心的日子。不料天意弄人，噩梦打破了他们平静的生活。
解放战争后期，我军西线围歼战役即将取得胜利。国民党西线部队独立团趁着夜色向西逃去。上级将参与西部战役的某师调往东线，于是该师派出庄连长带领小分队，在当地军分区的配合下，继续追击敌军。这股国民党残部隐匿在黑山寺待命，并且有不少士兵患上传染病。追击部队遵照“尽量保护当地百姓，减少我部伤亡，设法迫降敌军，并给予救治，以后甄别整编”的上级指示展开行动。庄连长得知当地韦医生心向共产党且医术好，前往寻找，不料敌方先行将韦医生骗上山。庄连长等扮作韦医生的助手进入寺院，与韦医生配合一边治疗病人，阻断疫情，以免病情蔓延至当地百姓中，一边了解坑道结构。最终我方控制了疫情，并通过坑道救出了希望脱离国民党的士兵。至此，国民党独立团残部掌控的黑山寺恢复了安定，疫情没有蔓延，特殊的剿匪与解救任务圆满完成。
长安首富李义因一场官商纠葛，从摘星台一跃而下，只留下一个孤子李麒形，在叔叔李正的庇护下隐姓埋名。转眼间，李麒形已蛰伏十年，成为了一县长官。连日的大雨，不仅让长安城变得泥泞不堪，也让那座象征着权力与腐败的摘星楼轰然倒塌。殷素素是东安县首富之女，却热衷医术，殷府厨娘被杀，李麒形因此与殷素素结缘，开启了一同断案的旅程。
