神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
臭名远扬的圣手牧天侯突遭暗算，引发江湖震动。两位正直弟子郑东霆和祖悲秋(废柴兄弟)因此相识，为帮师弟祖悲秋找寻十年未见的妻子，也为找寻杀害师父的真凶，一个名捕头和一个富二代阴差阳错的组合共闯江湖，踏上千里送休书的冒险之旅。二人来到扬州洛家，却遭遇洛家灭门惨案并被误会为凶手，江湖称“中原双凶”。二人一个有武功不能用（郑东霆），一个有武功不会用（祖悲秋），师兄弟虽意图洗冤但江湖各派对其误会却不断加深，武林正道群起而攻之。历经漱玉楼大战，歙州夜战，聚义厅论战等险境，二人发现这是一个针对他们的大阴谋...... 郑东霆为维护江湖道义，在武林精英汇聚的洛阳论剑大会上，使出神剑满天星击败反派弓天影，郑东霆虽违背了不使用武功的承诺但获得江湖各派谅解。师兄弟二人论剑大会后，又踏上了西征天山，打败昆仑魔教督红花，为师父报仇的旅程......
万族咆哮，撕裂苍穹！全面转职时代彻底降临！觉醒日，李一觉醒至高阴神职业——阴司至尊！生死簿翻页，万灵寿数由吾定；轮回盘转动，诸界亡魂归吾掌！十万鬼将，百万阴兵，一念断生，一念断死，诸天万界我为尊，吾意即天意！面对异族屠戮，人族悲歌响彻寰宇之际。李一突破职业桎梏，成就酆都大帝，硬撼异族三大邪神！阴司之主，既掌生死，亦镇苍生！那一战，天地震动！最终李一成功消灭邪神异族，将和平与安宁再次带给了这颗饱经风霜的星球！
故事发生在历史架空的多元宇宙世界，通过仙道十门之一的羽化门展开。羽化门麾下的大离王朝是一个拥有几十亿人口的人类王朝，每年都会向羽化门进贡宝物和人才，而经过羽化门训教出来的道人以及炼制的法宝，则是玄幻世界的关键所在。
大辰国帝后因意外互换了身份，原本两看生厌的人却因为互换体会到了彼此的难处。在互换的过程中，逐渐开始互相理解、互相信任。在边疆告急的危机关头，萧锦昀（实际为徐钰）为平定边境御驾亲征，最终凯旋而归。就在帝后二人克服万难顺利换回身体之后，鞑靼女王却突然入宫。与此同时，朝野之中，三王爷想要夺权的心思昭然若揭......
