《Kizuna no Allele》叙述如陨星般在网络世界中出场，知名度疯涨的超级偶像「绊爱」，连续五年得到「Virtual Grid Award」较大殊荣「金兔奖」后忽然大众的视野里消退。 随着时间的推移，美少女「Miracle」怀抱着对绊爱的向往而来到塑造虚似专业人才「Aden 学院」，和同伴们一起向着理想前行，渡过归属于他们的学院岁月。
——自由，是何等美丽，又是何等残酷呢逃离了恩典农场的15个孩子。抛弃虚假的乐园、追求自由的他们，面临的是从未见过的植物和动物，以及追赶而来的“鬼”……外面的世界虽然美丽，但他们所面对的又过于残酷。但孩子们不会放弃。他们在来自“密涅瓦”的信息以及诺曼留下的一支钢笔的引导下，向着明天进发。为了实现前去迎接留在农场的“家人”这一约定。
主要讲述了喜欢魔术的高中生黑羽快斗，在自己房间内一道隐藏的门后的密室里发现了世界闻名的大盗怪盗基德的服装。之后，身着怪盗基德服装的快斗遇见了父亲——世界知名的魔术家黑羽盗一以前的助手寺井黄之助，从他的口中得知自己的父亲正是怪盗基德，而且他并非死于意外，而是被人暗杀。为了找出杀害父亲的人，快斗决定以第二代怪盗基德的身份开始着手调查父亲真正死因。在以怪盗基德的身份活动的某日，快斗与称呼自己为“黑羽盗一”的神秘组织相遇，而该组织正是他的杀父仇人，故事也由此正式拉开帷幕。
由于King Records的疏忽，电视动画和第3季同时开展的梦想土崩瓦解…… 到底两人能在动画播放之前幸存下来吗……
