高中一年级学生·夜科扬羽，某天捡到了被遗弃在公共电话亭里的“红色电话卡”。 几天后，持有相同电话卡的青梅竹马兼同学·雨宫樱子失去了踪影。 为了寻找她，扬羽联系了传闻中在全国范围内制造连续“神隐”失踪事件的黑幕——“秘密结社PSYREN”。 随后，一场赌上性命的游戏开始了——
“这是认错人了…… 不对，是认错僵尸了。” 距离那场导致九成人类感染身亡的神秘传染病爆发的「猩红之日」，已经过去了十三年。 幸存的人们远离城市，在与世隔绝的村落里度日。 生长在新时代的少女亚纪对世界毁灭前的记忆一片空白，为了寻找早年离开村子的父亲，她和青梅竹马的夏树、春一同逃出了村落。 踏出村子后，放眼望去遍地都是僵尸。 可即便如此，人生中第一次感受到的「外界」，却如此辽阔、鲜活，又充满美好。 途中结识的悠与樱也加入了队伍，少年少女们这场残酷却又满是欢乐的全新冒险，就此开启 ——
居住在冲绳北部的中学生东道明，与姐姐晴香以及经营咖啡店的母亲，一家三口过着平静的日常生活。 然而，这个家庭却隐藏着一个秘密。 晴香继承了父亲被称为“引擎”的力量，并一直向外人隐瞒着这份力量生活着。 另一方面，没能继承父亲力量的明，对自己的弱小感到自卑。 就在这时，世界各地开始发生异变。 逼近明等人的神秘敌人，究竟有何目的——。 背负宇宙命运的少年少女们的战斗，此刻打响。
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