在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
萧炎（刘三木 配音）曾是家族里公认的斗气天才，年仅11岁便已经抵达了常人穷尽一生都无法修炼到的境界。可12岁那年，一场意外让萧炎的全部努力都化为了乌有，失去一切的他体会到了人情的冷暖和世态的炎凉，之后，萧炎和纳兰嫣然（鬼月 配音）许下了决斗的三年之约，来到魔兽山脉，在身世神秘的药老（黑石稔 配音）手下修炼。 三年间，萧炎的身影穿梭在塔戈尔大沙漠和加玛帝国黑岩城等地，结识了云芝、小医仙（醋醋 配音）等志同道合的好友，并且最终获得了强大的力量。三年一晃眼就过去了，萧炎毫无悬念的战胜了纳兰嫣然，却没想到，他的故事和劫难才刚刚开始。
少女茉莉某天意外穿越到架空的茗族大陆，这里的人种竟然都是兽人。随后遇见了哈士奇血统兽人少年龙井,傲娇赤狐少女祁红等同伴。意料之内的成为了传说中唯一的魔法师，展开了一段猫飞狗跳的冒险故事。
奇师戏影策兵涛，逐浪祸海乱天道； 镜域侠武决干戈，龙首风痕会英豪。 儒门天下，镇门宝剑惊生变故，特聘剑师却受困于一处与元河天藏息息相关之地。只见熟悉的无双风华再现，为儒门天下安危，儒门龙首．疏楼龙宿再渡红尘，更将揭开不为人知的过往。 绝代剑者、冷傲超尘，隐居多时的风之痕师徒为何再现武林？离人公子会见故人复朝伊，两人之间的契约牵涉何等内容？邪帝绝式惊现江湖，伴随意外的虎形身影，白城舆身上有何变故？奇异女子金缕凤衣．灵悉潮又对他有何意图？ 异土镜界，流传天旨：羽剑竞暝刀，胜者号令定天下。境内四族，木族、兽族、金石族与人族主持的偃武三千楼、不秋阁，争抢灵脉，征战未曾休止。镜界高人梅林之主．知北游更力战作恶多端的奇迹影法师，双双重创；直至横空入世的木族龙君．森墨君策局，方得平息。但如今，元河天藏回归，异界外人接连来至，一切将风云变色！ 暗处黑宫，奇诡的皮影戏...
一心想做个风流潇洒白衣剑客的穿越者孟奇，却在‘轮回空间’的一次次无限流极限任务中画风突变，成了闻名天下的‘雷刀狂僧’，然而这一切原来都在洪荒上古大能的诡谲算计之中。且看无敌逗比小和尚快意江湖，笑傲三界。
全片以主人公伍六七寻找失去的记忆为故事主线，配合角色与角色之间的爱恨情仇组成的支线贯穿始终。通过讲述主人公在帮助别人和寻找自我的过程中，认识不同的人，与不同角色之间发生的有趣的，最终用爱化解仇恨与偏见的故事，想带给观众欢乐的同时表达对生活的热爱，爱与包容可以化解一切。
