在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
由于多次抛弃队友逃跑，哀木涕受到了朋友们的鄙视，没有人愿意再和他一起冒险。沮丧的他获得了一件神奇的道具——草裙娃娃，只要摇一摇就能回到过去，从头开始。哀木涕依靠这件宝物回到了认识傻馒之前，幻想彻底改变命运。可他的任性反而引发了一连串的风波，甚至激起了联盟和部落的矛盾，导致了战争发生！眼看曾经的朋友们又一次陷入危机，哀木涕终于意识到了自己的错误。他再一次摇起草裙娃娃，而这一次不是为了逃避，而是为了自我救赎……
暗河，江湖最神秘的杀手组织，由苏、谢、慕三姓家族组成，三家最高统率称大家长。大家长身中奇毒，生命危在旦夕。暗河三家势力得知消息后，趁机发起叛乱。苏暮雨作为大家长护卫团蛛影的首领傀，一边找来药王谷神医白鹤淮为大家长医治，一边击退各家杀手护大家长周全。此时，他在暗河的好友苏昌河，却代表苏家加入了刺杀大家长的行动。
