看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。 这就是我们奇迹调查官的义务—— 天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯特。 两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”—— 那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。 在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。 在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件—— 天才神父组合的事件簿，开幕！
「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体！ GO、アクエリオン！」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...
漫长的暑假已然过半的8月16日。聚集在学校里的中学三年级学生·长良一行人突然被卷进从未设想过的事态之中。长良本人自不必说，神秘的转校生·希和瑞穗以及朝风等26名同班同学，都随着学校一起在异次元之中漂流。而且他们在漂流的同时也获得了各种各样的“能力”。有因为获得了超越常人的能力而心生欢喜，用能力肆意作乱的人，也有作为领导统帅着学生们，拼死寻找回到原本世界方法的人。相互质疑、无法克制的嫉妒心，还有支配欲引发了对立。接二连三发生的难以解决的事件面前，少年少女们突然被扔进了求生生活之中。长良他们究竟能否攻略这个世界，平安回到原本的世界呢……？
故事发生在名为“艾尔塔利亚”的都市之中，在那里，汇聚着来自世界各地价值连城的宝藏。收获祭即将拉开序幕，这盛大的庆典吸引了各地商人、游客前来参加，整个城市陷入了一片欢乐而躁动的海洋之中，据传说，祭奠当满，将出现流星缀满天空的壮观景象。 雷斯塔（冈本信彦 配音）是隶属于Oasis冒险团的道具师，某日，他受到了青梅竹马的好友卡丽娜（古山贵实子 配音）的邀请，来到了尚在建设之中的祭奠街道，在这里，两人偶遇了名为阿妮艾斯（水桥香织 配音）的街头艺人和名为切露西（今井麻美 配音）的神殿骑士，阿妮艾斯自称是排行世界第一的人偶师，而切露西则替盛典担任着警卫的职责。几人并不知道的是，当晚的流星将会彻底改变他们的命运。
个性活泼开朗的白雪（早见沙织 配音）拥有一头美丽炫目的红发，从小生活在深山之中，令白雪拥有着超越常人的敏锐和活力。让白雪没有想到的是，自己竟然即将被迫嫁给好色而又愚笨的拉冀王子（福山润 配音）为妾，桀骜不驯的白雪发誓绝不向命运屈服。在留下了一束红发之后，白雪离开了家乡 在前往邻国的途中，白雪邂逅了克拉利涅斯王国的二皇子千（逢坂良太 配音），跟随着千的，是忠心耿耿的两位侍从木木（名冢佳织 配音）和光秀（梅原裕一郎 配音）。在得知了千的真实身份之后，白雪决定放弃自己的一切，追随千来到他的王国，辅佐千，成为他的左膀右臂。
