生存、寻宝，为了黄金的战斗在神祕的古北海道大地正式展开——被称为“不死身的杉元”、在日俄战争中有如鬼神般的杀敌，被世人如此熟知的杉元佐一，为了得到大量的黄金，来到了昔日淘金热潮盛行的北海道。 于某次机遇下，他得知了隐藏着阿依努人庞大财宝的线索?! 在充满威严的大自然中，和许多凶恶的死刑犯、以及阿依努少女相遇，“寻找黄金的生存竞争”正式开幕!
曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。 被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？
